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新冠疫情在全球持續嚴峻，在臺灣也因確診病患急速上升，醫療量能吃緊。一般而言，確診病患必須在檢測不到病毒（C_t值34以上），才被認定不具傳染力。但是，我們卻經常在新聞報導上看到有些患者的採檢結果「時陰時陽」或在出院後又「復陽」。美國研究團隊表示，造成「時陰時陽」的原因，或許在於新冠病毒基因體能「嵌合」至人體 DNA。

去（2020）年12月，美國麻省理工學院懷海德生物醫學研究所（Whitehead Institute for Biomedical Research）在 bioRxiv 上的預印本（preprint）中提出，新型冠狀病毒除了感染宿主細胞外，更有可能會在感染過程將病毒基因嵌合至人類染色體內。而導致嵌合的原因為在極少數情況下，人類細胞中的反轉錄轉位子（retrotransposon）——長散布胞核元件（long interspersed nuclear element 1, LINE-1）會轉譯出反轉錄酶，將病毒RNA反轉錄為DNA，嵌合到人類DNA中。

然而，此研究結果一發表，立刻引發許多質疑與批評，表示他們缺乏證據，且引發毫無根據的擔心。許多研究LINE-1和其他反轉錄轉位子的研究人員甚至認為，數據太過單薄，無法支持這種說法，且比起病毒真正反轉錄並侵入、危害細胞，人類－病毒序列（human-virus sequences）更像是一個實驗室中的產物。

近期，在加入國家癌症研究所（National Cancer Institute）與原先團隊共同研究之後，找出更多的證據。他們透過在試管（In vitro）中實驗，證明當新型冠狀病毒感染帶有LINE-1的人類細胞時，病毒序列的DNA會嵌入細胞的染色體中。

在新發表的論文中，研究團隊提供無法透過人為製造或解釋的「病毒－人類嵌合DNA（virus-human chimeric DNA）」濃度。此外，團隊也觀察到LINE-1的序列會嵌入病毒遺傳序列這些發現都更進一步支持他們的假設。

儘管目前看起來證據十足，然而，更多的科學家真正關心的問題是，這些數據是否能真實反應在臨床。美國康乃爾大學（Cornell University）的費舒特（Cedric Feschotte）表示，在缺乏與患者實際數據整合的情況下，最多只能說在LINE-1大量表現的感染細胞中，有可能檢測到新冠病毒的反轉位（retroposition），目前在臨床上仍只是單純的臆測。

關於這部分，研究團隊表示有在COVID-19患者的組織中找到病毒嵌合的跡象，他們發現有一種只能藉由人－病毒嵌合的DNA，所轉錄產生的高濃度RNA。但研究團隊也表示，目前還欠缺直接證據。

雖然研究團隊提出更多證據，但是這場爭議並沒有就此落幕，他們所招致的批評和質疑甚至比他們學術生涯中所發表的任何研究都還多。部分研究人員擔心這項研究的論點會被反疫苗者大作文章，以信使核糖核酸（messenger RNA, mRNA）疫苗可能會嵌入接種者基因中等疑慮，降低大眾施打疫苗的意願，將不利於防疫的進行。