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2024-02-01合成生物學與工程系統的 結合突破想像的微型生物工廠
650 期
Author 作者
李孟學/陽明交通大學分醫所助理教授,從事工程生物微系統開發。
Take Home Message
• 合成生物學可建立出特定功能的生物系統,在物理學家費曼提出微小化工程的概念後,微型工程裝置已逐漸在合成生物學中扮演重要角色。
• 微型工程涉及微機電系統與微流體技術,前者為轉換物理量的微型系統;後者能應用在小尺度的流體行為控制。
• 微型工程與合成生物學的結合可應用在各領域,例如模擬癌症生長的器官晶片、偵測作物健康的生物感測器等。
合成生物學藉由基因編輯創建具備特殊功能的生物系統,發展至今已展示了許多重要的應用。儘管如此,合成生物學的潛力遠遠不止於此,它仍有許多未被開發的應用和發展空間。而得利於微小化工程的發展,小體積且功能豐富的微型工程系統不僅已經廣泛應用於日常生活中,在生物醫學領域的潛力也備受重視。當合成生物學與微型工程系統相遇,跨領域的技術相互結合,為彼此開闢了更多的可能性。
合成生物學的推動
合成生物學的特色在於創建「新型半合成生物系統」的能力,這些系統不僅能夠改變生物現有的能力,還能賦予生物系統全新的功能。被改變的生物系統從而執行自然狀態下無法實現的任務,以滿足特定的需求,例如生產藥物、生物燃料或淨化水質。
合成生物學的核心在於對生物系統的理解和再創造,因此須具備生物分子的理解、基因設計與編輯能力,涉及生物學、工程學、計算機科學等多個學科。而合成生物學中完整的生物設計週期循環包含目標規格訂定(specify)、設計(design)、建構(build)、測試(test)、學習(learn),過程緩慢、昂貴且費力。
早期這些工作需要數月甚至是數年的時間才能完成,不過目前已發展出許多自動化演算法和軟體輔助,用於加速前述的「規格」與「設計」過程,快速建構生物迴路和代謝途徑。而後續生物系統的「建構」與功能的「測試」,都需要許多生化反應步驟與生物分子檢測,也涉及到多種工具及設備的實際操作。雖然許多設備的自動化有助於降低手動操作的不穩定與失誤,但目前各式設備仍獨立運作,而且必須消耗大量材料、時間、人力成本,這些問題仍然是合成生物學在發展的過程中必須面對的重要課題。
合成生物學的生物設計週期循環(資料來源:作者提供;Image by Freep ki)
合成生物學的微型工廠-微機電系統
微型化、集成式的系統具備自動化、反應速度快、低材料消耗等優勢,在合成生物學領域備受期待。此類微型化裝置涉及兩個重要的工程技術,分別是微機電系統(micro-electro-mechanical systems, MEMS)與微流體(microfluidics)技術。微機電系統的發展可以從美國理論物理學家費曼(Richard Feynman)的演講:「在底部留有足夠的空間」(There's Plenty of Room at the Bottom)說起。1959年美國物理學會(American Physical Society, APS)舉辦的年會上,費曼在演講中談到了在原子和分子層面操作與控制物質的可能性,以及此操控對科學和技術潛在的影響。費曼提出縮小機器、設備至微觀尺度的觀點,也成為日後微機電技術和奈米技術發展的基礎。……【更多內容請閱讀科學月刊第650期】