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2024-02-01合成生物學的前世今生 當生物踏進工程、走向永續發展 650 期

Author 作者 吳意珣/成功大學iGEM創隊指導老師,成功大學化學工程系教授。

Take Home Message
• 合成生物學以工程的思維來設計和改造生物系統,涉及分子生物學、生物科技、電機工程和計算機工程。
• 合成生物學具有廣泛的應用前景,包括新藥開發、疾病治療、農業生產、環境保護、能源供應、新材料開發等。
• 合成生物學需要跨領域的人才結合不同領域,可望解決各種永續發展議題,領導未來社會與產業的發展和改變。

 
生命起源及演化都是基本的科學問題,更是人類在文明發展後,我們想了解的哲學問題。
 

合成生物學的前世

生命的起源一直是個有趣的問題,在高科技迅速發展的年代,人類仍然無法精準回答生命真正源自何處。在另一個科學的範疇中,合成生物學(synthetic biology)成為一個新方向,透過工程理念改寫生命的故事:以DNA染色體為基礎,使用人工合成的方式創造生命。因科學的演進,基因片段得以透過標準化的處理過程,設計一個全新的生物途徑(biological pathway),或對自然界中現存的系統重新設計。當中除了牽涉到分子生物學、生物科技,更運用到工程學的知識,尤其是電機工程和計算機工程。
 
合成生物學這個名詞第一次的出現,是在法國物理化學家勒杜克(Stephane Leduc)於1911年發表的《生命的機理》(The Mechanism of Life)一書中,當時合成生物學定義和現在已有很大的差別。現今合成生物學專業術語的含義是1980年由德國科學家荷本(Barbara Hobom)提出,用來解釋基因工程菌(請見延伸閱讀 1)。而合成生物學後來成為一門真正的學科,則是出自於2000年美國化學家庫爾(Eric Kool)對合成生物學的重新定義⸺以系統生物學為基礎的遺傳工程學。
 

合成生物學的今生與未來

儘管合成生物學的原理看似和基因工程(genetic engineering)大同小異,合成生物和基因工程都以相同的工具,即DNA、RNA、蛋白質之間的轉錄及轉譯(transcription and translation)運作,也同樣使用重組DNA、RNA調控、蛋白質生產等技術,但兩者的差別在於設計規模的不同。基因工程的目標是生產更多蛋白質,為了加速轉錄和轉譯,較著重啟動子(promoter)的強弱、基因的挑選、DNA密碼的改善;合成生物學則是大規模的DNA修改,包括移除或插入不同基因,調控或建立全新的合成途徑,對生物產生巨大的影響,並運用工程學的概念設計及測試,依循「Design-Build-TestCycle」進行模組方式的改變(請見延伸閱讀 2)。
 
合成生物學採用工程策略為思考方向,以DNA合成技術為基礎,具有目的性地設計標準化的生物元件(又稱為biobricks),構建特定的基因電路,再集成為單元化系統,最後設計組裝各式各樣的人工生命系統(圖一)。此方式就像是半導體工程的集成電路,因此一開始吸引電機、物理、化學、生物等不同領域的人才參與,至今已經發展成為跨領域學習的最好範本。……【更多內容請閱讀科學月刊第650期】

 

圖一|合成生物學的概念與電腦組裝相似(資料來源:延伸閱讀3)
合成生物學如同組裝電腦的概念,設計和工程化過程則是基於生物學的零件(DNA、RNA、protein)製作成單元及新穎的設備和系統(parts、device、systems),再重新設計出自然生物系統外的生命底盤(chassis)。合成生物學融匯工程科學原理,採用由下而上(bottom-up)的策略,重編、改造或設計合成出新的生物體系,以揭示生命規律和構築新一代生物工程體系,被喻為認識生命的鑰匙、改變未來的顛覆性技術。