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傳統鯨豚生態調查須組織專業研究者，租用專船在天候允許下出海，在人力物力的資源上所費不貲，不易長期累積鯨豚目擊資料。近年，海洋領域的公民科學計畫也廣泛應用在鯨豚研究中，透過賞鯨船上受過科學記錄訓練的船長與解說員，更長時間且定點進行觀測，提供大量且可信的數據供分析。

在1998∼2014年的花紋海豚目擊資料調查，是在遇到花紋海豚後以GPS定位系統，記錄出現時間、經緯度、群體數量、群體組成、行為狀態等。相關資料需經過後續人工清理，去除重複目擊、種類不確定、時空位置記錄錯誤等資料，最後共記錄到1630群次的花紋海豚。

而在2008∼2015年進行的花紋海豚個體辨識調查，則以單眼相機拍攝花紋海豚的正側面影像。拍攝照片經過清理、建檔，並進行特徵比對後，收錄到資料庫中。目前已建立400隻具有辨識特徵的個體，但大多個體僅目擊一次。