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2025-03-05同步輻射揭開古生物之謎 從恐龍蛋白質保存到魚類頜骨起源 663 期

Author 作者 王俊杰 | 國家同步輻射研究中心研究員、臺灣大學地質系兼任助理教授,致力同步輻射技術於古生物研究應用。(本文資料及圖片皆由作者提供)

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• 同步輻射能提供先進的材料結構與特性量測技術,因此逐漸成為古生物研究的重要工具。
• 利用傅立葉轉換紅外光譜顯微鏡,首次在祿豐龍胚胎骨骼中發現保存良好的膠原蛋白分子;利用奈米穿透式 X 光顯微鏡發現肉食性恐龍牙齒具備避震與抗裂結構設計,並推測鳥類透過食性轉換成功避開大滅絕。
• 3D 斷層掃描技術能夠重建古代魚類化石的微觀結構,應用於演化研究。例如從牙齒結構確認有頜脊椎動物的分化時間點可能早於早志留紀;從3D 骨甲結構推測新發現物種屬於原始軟骨魚類至硬骨魚類的過渡物種。

古生物的探索始終令人著迷,無論是巨型恐龍的出土,還是新品種昆蟲的發現,都生動展現了大自然的奇妙與多樣性。傳統上,古生物學的研究主要聚焦於形態學描述,古生物學家透過精確測量化石的結構特徵,對已滅絕物種進行分類與研究。儘管化石化(fossilization)過程會將大部分原始物質置換,但在特殊埋藏條件下,部分生物組織的微結構,甚至原始成分,仍可以被保存。而這也為古生物學家提供了難得的機會,得以一窺已滅絕物種的演化歷史、生態環境、古氣候等資訊,滿足人類對遠古世界的深層好奇心。

隨著科學技術的進步,同步輻射因為能提供先進的材料結構與特性量測技術,逐漸成為新一代古生物研究的重要工具。在過去十年間,位於新竹的國家同步輻射研究中心(國輻中心)以高解析同步輻射分析技術,為探索古生物的重要議題與研究成果提供了強而有力的支持。以下將介紹科學家如何利用這些技術,深入解析古生物的奧祕,開拓遠古生命研究的新視野。

 

封存1.95 億年的恐龍骨頭膠原蛋白

人類對於曾經存活於地球上的巨大生物,始終懷抱憧憬與敬畏,複製遠古巨獸的議題更是令人既期待又忐忑。如同30 多年前電影《侏儸紀公園》(Jurassic Park)的情節,科學家從琥珀中的蚊子萃取恐龍血液裡的DNA,成功複製已滅絕的恐龍。然而,在現實中,DNA 的降解半衰期僅有約521年,這意味著恐龍DNA 在數千萬年後是否仍能保存完整,是複製恐龍的關鍵。

圖一
(左) 國輻中心TLS 14A1 FTIR 實驗站與光束線;(右)祿豐龍胚胎骨骼化石的FTIR 光譜。
(資料來源:作者提供) 

2013 年,由加拿大、臺灣與中國組成的跨國研究團隊,利用國輻中心「台灣光源」(Taiwan Light Source, TLS)的TLS 14A1 傅立葉轉換紅外光譜顯微鏡(Fourier-transform infrared spectroscopy, FTIR)(圖一左),對距今約1.95 億年前、侏羅紀早期的祿豐龍(Lufengosaurus)胚胎骨骼化石進行深入分析,意外發現遠古有機質的殘留物。FTIR是一種強大的分析技術,能檢測化學鍵的運動,廣泛應用於有機化學與生物化學領域,用以確定有機化合物的組成與種類。蛋白質中具有特定的酰胺(amide)特徵,其中酰胺 I 對於近紅外光的吸收範圍為1600 ~ 1700 cm⁻¹,酰胺 II 吸收範圍為1510 ~ 1580 cm⁻¹。研究團隊透過分析胚胎骨骼化石的FTIR 光譜,成功在化石的血管通道中檢測到酰胺 I 和酰胺 II 的信號,證實部分有機物質仍然保存於化石中(圖一右)。

值得注意的是,這些祿豐龍胚胎化石是目前已知最古老的恐龍胚胎化石,因此其中保存的有機殘留物也是目前最古老的恐龍胚胎保存物質。這一發現不僅具有極高的科學價值,也為古生物學研究帶來突破性進展。相關成果於2013 年發表在《自然》(Nature)期刊,並成為當期封面故事,是古生物學領域的一大里程碑。

為進一步確認這些有機質的類別,研究團隊再次利用FTIR 技術,對一段保存良好的祿豐龍成年肋骨化石進行分析。由於生物骨骼主要由氫氧基磷灰石與膠原蛋白組成,兩者在紅外光譜上的特徵相似,但在特定吸收波段上存在差異。磷灰石的吸收波段範圍為900 ~ 1100 cm¹,而膠原蛋白的特徵吸收峰則出現在1637 cm⁻¹ 和1245 cm⁻¹。這些差異使研究團隊能準確辨別化石中的有機質即為膠原蛋白分子。然而膠原蛋白如何在數億年後仍被保存下來?研究團隊推測可能是碳酸鈣滲透骨質,封住血管腔,形成類似水泥的保護層,因而阻止外界物質的侵入,才得以保存至今。

這是科學界首次在恐龍骨骼化石中發現保存良好的膠原蛋白分子,該研究成果發表於2017 年的《自然通訊》(Nature Communications)期刊,並被《發現》(Discover)雜誌評選為當年度全球100大科學發現的第12名。這一成果為遠古生物研究開闢了新方向,也重新引發恐龍複製與復育的熱議,特別是為未來發現完整保存的恐龍DNA 序列提供了新的可能性。


恐龍吃什麼?祕密藏在牙齒裡

2015 年,以國輻中心為主的研究團隊利用台灣光源TLS 01B1 奈米穿透式X 光顯微鏡(nanotransmission X-ray microscope, nano-TXM),對八種蜥臀目(Saurischia)恐龍和五種鳥臀目(Ornithischia)恐龍的牙齒內部3D 微結構特徵進行深入研究,發現肉食性恐龍牙齒不易斷裂的祕密。同步輻射nano-TXM 是一套基於高解析度X 光波帶片(zoneplate)成像元件的3D X 光電腦斷層掃描系統(圖二左上),有高達30 ~ 60 奈米(nm)的超高空間解析度,遠超傳統醫用X 光電腦斷層掃描解析度的2000 倍以上。

圖二
(左上)國輻中心TLS 01B1 Nano-TXM 實驗站;(下)Nano-TXM 所拍攝的蜥臀目與鳥臀目恐龍的高解析牙齒內部微細結構;(右上)Nano-TXM 所拍攝的小型獸腳類恐龍與古鳥類的高解析牙齒內部微細結構。
(資料來源:作者提供)

研究結果顯示,以肉食性為主的蜥臀目恐龍與植食性鳥臀目恐龍的牙齒主要差異,在於被覆牙本質(mantle dentine, MD)的微細結構。蜥臀目恐龍的MD 在接近琺瑯質(tooth enamel)交界處形成了充滿孔隙的球狀間質(interglobular structure, IGS),而鳥臀目恐龍的牙齒則缺乏這一特徵(圖二下)。MD 中IGS 的多孔結構可能具有應力遮蔽功能〔註〕,能夠阻止琺瑯質裂紋向牙本質延展,進一步保護牙齒,延長使用壽命。這些特徵使蜥臀目恐龍的牙齒更具耐用性,尤其在捕食過程中能承受高強度應力而不斷裂。

〔註〕指該結構可以削弱應力,達到遮蔽效果,如同海邊的消波塊,將海浪向岸邊拍打的力量分散到四面八方。

為了驗證這個假設,研究團隊利用有限元素模擬技術,分析典型蜥臀目恐龍銳利牙齒中MD 與IGS 結構的機械性質。模擬結果顯示,IGS 的隨機分布能有效重新分配琺瑯質上的壓力,防止高應力擴散至較弱的牙本質,避免牙齒斷裂(圖二下)。因此,具有IGS 結構的MD 作為一種應力緩衝層,能有效保護牙齒免受破壞性外力的影響。

從進化角度來看,MD-IGS 結構特別適合蜥臀目恐龍長而銳利的狩獵牙齒,使牠們在撕裂大型獵物時能承受高強度咬合力,例如暴龍的咬合力高達6000 公斤,這對捕食成功與生存具有重要意義。這些重要的研究成果於2015 年發表於《科學報告》(Scientific Reports)期刊。


鳥類逃過生態災變 食性廣泛是關鍵

另一方面,恐龍的滅絕與鳥類的興起也可能和牙齒的微結構特徵有關。6600 萬年前,隕石撞擊與火山爆發引發生物大滅絕,導致約75% 的物種消失,包括非鳥類恐龍。這場災難阻礙植物的光合作用,造成植食性動物的滅絕,也使肉食性恐龍消亡。然而,恐龍的後代――鳥類,卻得以存活下來。有些科學家認為,鳥類及其他雜食性、食蟲性和食腐性物種因擁有廣泛的食性,能在植物大量死亡後找到足夠食物,成功度過生態危機。

為探討鳥類如何在恐龍滅絕的劇變中倖存,研究團隊再次利用同步輻射nano-TXM 分析了九種古鳥類牙齒,包括今鳥類(Avialae)、反鳥類(Enantiornithes)、會鳥(Sapeornis)、熱河鳥(Jeholornis……【更多內容請閱讀科學月刊第663期】