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2024-12-02顛覆傳統的微小生命密碼 改寫生物學中心法則的 miRNA 660 期

Author 作者 俞震亞 | 專長為發育生物學。 目前任教於陽明交大生科系暨基科所。(本文感謝師大生科系 王慈蔚老師編修)

Take Home Message
▶ 1993 年,兩位美國生物學家在線蟲基因體內發現短小的 RNA 分子(後來被命名為 miRNA)能夠調控基因表現,不同於傳統生物學的中心法則。
▶ miRNA先轉錄成較長的前驅形式,經過剪切後與RNA誘導沉默複合體結合,可抑制目標mRNA的轉譯,以調控基因表現。
▶ miRNA 的發現促進我們對 RNA 干擾和非編碼 RNA 的理解。此外,miRNA 也與人類疾病發生有關,可作為疾病診斷的新指標。

 

(資料來源:UMass Chan Medical School)

維克多.安布羅斯
Victor Ambros(1953 ~)

國籍|美國
任職單位|麻省大學
研究領域|生物學、分子醫學


(資料來源:Rick Friedman / Alamy Stock Photo)

加里.魯夫昆
Gary Ruvkun(1963 ~)

國籍|美國
任職單位|麻省總醫院
研究領域|分子生物學


人體有皮膚細胞、血球細胞、神經細胞等多種不同的細胞,但這些細胞都是從一顆受精卵發育而來。這樣的發育過程到底是如何發生的呢?人類有將近兩萬個基因,而每一種細胞只會表現兩萬個基因中的一部分,導致它們各自擁有獨特的形態與功能。因此,每個基因的表現與否,都受到嚴密且精確地調控。不過,基因調控實際上如何發生,一直是生物學家探究的問題。


微小卻能調控基因的miRNA

我們從生物課本上讀到的分子生物學中心法則,就是生物的遺傳訊息存在於細胞核的去氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid, DNA) 中, 由DNA 先轉錄(transcription)成約1000 個核苷酸以上組成的訊息核糖核酸(messenger ribonucleic acid, mRNA),接著再由mRNA 轉譯(translation)出蛋白質後,以蛋白質執行各種細胞運作所需的生理功能。不過,1993 年兩位美國生物學家安布羅斯(Victor Ambros)與魯夫昆(Gary Ruvkun)在秀麗隱桿線蟲(Caenorhabditis elegans)發育的研究中,有了一個顛覆此思維的發現。

安布羅斯找到一個基因lin-4,而它真正執行功能的是一段非常短、僅由22 個核苷酸組成的核糖核酸(ribonucleic acid, RNA)。魯夫昆則進一步發現此短片段的RNA 會結合在另一個基因lin-14 的mRNA 3 端非轉譯區(3'UTR),進而抑制lin-14 的mRNA 轉錄出蛋白質的量。這個劃時代的發現雖然很新奇,但是生物學界懷疑這可能是線蟲獨有的基因調控方式,人類未必會採用一樣的方式。

到了2000 年, 魯夫昆實驗室找到第二個短的RNA ――let-7。重點是let-7 不僅在線蟲體內被發現,包含人類在內的哺乳動物都具有let-7 基因。這項發現在生物學界開啟了一個嶄新的領域,這些短片段RNA 被命名為微型RNA(microRNA, miRNA),它們雖然微小卻能調控其他基因的表現。在往後的研究中,生物學家陸續發現更多的miRNA,目前光是在人類的基因體就已經找到了超過1900 種!


揭開miRNA的作用

20 多年來,科學家持續對miRNA 進行研究,目前已經知道miRNA 基因會在一開始轉錄出一段較長的單股前驅miRNA。這段前驅miRNA 的序列彼此互補,且會折疊成髮夾般的雙股RNA(doublestranded RNA, dsRNA), 接著再被剪切成大約21 個核苷酸長的dsRNA。這段dsRNA 與RNA 誘導沉默複合體(RNA-induced silencing complex,RISC)結合之後,其中一股RNA 會被切除,剩下的另一股就是miRNA 了。

接下來,RISC 會與miRNA 一起找到能和miRNA序列互補的mRNA,並且抑制這些mRNA 的轉譯。值得一提的是,miRNA 不會100 % 與它找到的mRNA 序列互補,但只要miRNA 的5 端有部分序列(約六個鹼基)與mRNA 互補,就可以引發後續的轉譯調控(圖一)。由於此特性,一種miRNA可以抑制幾十、甚至上百種基因的轉譯。傳統上科學家認為基因必須經過轉錄與轉譯後產生蛋白質,再以蛋白質來執行細胞運作所需的功能。而miRNA卻以RNA 的形式就能執行功能,顛覆了所有生物學家的想像。


圖一| miRNA 的運作原理
(資料來源:作者提供)


後續研究對生物學界的重大影響

安布羅斯與魯夫昆發現了miRNA,以及他們的後續研究,在基礎科學研究上還帶來兩個重大影響。2006 年諾貝爾生理醫學獎頒給兩位研究RNA 干擾(RNA interference, RNAi)的生物學家――法厄(Andrew Fire) 與梅洛(Craig Mello)。RNAi 是dsRNA 抑制基因表現的一種現象。有趣的是,他們兩人也是透過秀麗隱桿線蟲的研究破解了RNAi的機制。前段提到miRNA 在細胞中被剪切的過程,以及RISC 都有許多不同蛋白與RNA 水解酶(ribonuclease, RNase)參與。這些剪切miRNA與執行miRNA 功能的蛋白,有很大一部分也參與在RNAi 的作用過程中。顯見miRNA 的發現與運作機制也能幫助我們更了解RNAi 的機制。

第二個miRNA 研究的重要性,在於開啟了整個非編碼RNA(noncoding RNA)研究的第一扇門。在2000 年之後,生物學家開始把研究焦點轉移到各種有功能的非編碼RNA,miRNA 只是眾多非編碼RNA 中的一個類群而已。生物學家陸續找到不同功能的非編碼RNA,例如在生殖細胞抑制跳躍子作用的piRNA(piwi-interacting RNA); 調節miRNA功能的環狀核糖核酸(circular RNA, circRNA);與轉錄因子協同調控不同基因轉錄的長鏈非編碼RNA(long non-coding RNA, lncRNA)。因此miRNA 的發現,可以說是這些非編碼RNA 研究的濫觴。……【更多內容請閱讀科學月刊第660期】